タルタロスへ進入しシャドウと遭遇するとバトルに突入。 敵の耐性を探って弱点を突き、戦略を練りながら仲間へ指示を与え、 テンポ良くバトルを進めよう。 攻撃は大きく2種類。装備している武器で行う攻撃がアタック。 そして、ペルソナ能力による攻撃がスキル。 ペルソナを使うとHPやSPを消耗するが、その分効果は大きいので、 状況に応じてうまく使い分けることが必要となる。