深夜0時、満月の夜、学園で何かが起こる。

謎めいた夜に、月光館学園へ転入

月光館学園に転入するために学生寮がある巌戸台駅へと降り立った主人公。
すっかり到着が遅れてしまい深夜0時を過ぎてしまった。
街には人の気配が全くなく、そこには不気味なオブジェが立ち並んでいた。

シャドウとの遭遇、そしてペルソナの覚醒。

学園生活も無事に始まり、数日後の満月の夜。
深夜0時を過ぎたころ“ヤツら”が寮を急襲してきた。
ゆかりとともに屋上まで逃げるが、遂に追い詰められる。その時、主人公のペルソナが覚醒した。

影時間の存在を知り、特別課外活動部(S.E.E.S)に入部。

1日と1日の挟間にある隠された時間、それが影時間。
普通の人間には感じられない特別な時間帯である。影時間にだけ現れる“シャドウ”を倒せるのは、
特別な力を持つペルソナ使いだけなのだ。